16:00 chiều 6/9, vị trí tâm của siêu bão Yagi vẫn đang ở đảo Hải Nam, Trung Quốc (khoảng 19,9 độ Vĩ Bắc; 110,8 độ Kinh Đông), cách Quảng Ninh khoảng 420km. Tuy nhiên, hoàn lưu bão đã ảnh hưởng đến Hà Nội với một trận mưa ngắn nhưng lượng mưa lớn, gió giật mạnh gây ra nhiều thiệt hại cả về người và cây cối, nhà cửa.